continuaNel 1282 Carlo d' Angiò fece costruire il campanile della Chiesa, che aveva subito danni. Donò al Capitolo della Collegiata preziose reliquie (legno della Croce, ossa di S.Giacomo AP. di S.Luca E., di S.Lorenzo M. e di S.Donato V.M) gelosamente custodite nel Duomo.
I successori di Carlo d'Angiò furono tutti munifici verso la città, il Tempio e il Capitolo. Ma mentre i sovrani angioini mostravano predilezione verso Foggia e il suo Clero, anche qualche Vescovo di Troia guarda con particolare attenzione al clero e ai fedeli foggiani. Il Vescovo Enrico nel 1347 ai privilegi del suo predecessore Guglielmo (1187) aggiunse il riconoscimento giuridico della Chiesa maggiore, elevata a Collegiata, e del suo Capitolo. Tale riconoscimento fu confermato da Papa Clemente VI.
Agli inizi del XVI secolo, Foggia risulta per l'incremento demografico, la città più grande della Diocesi di Troia, ma amche la più importante sotto l'aspetto amministrativo e politico. I Vescovi, oltre che un interesse pastorale verso Foggia avvertono l'esigenza di trasferirvi la sede vescovile. Il Capitolo e il Clero di Troia mostrano chiari segni di intolleranza all'idea che il Vescovo si allontani dalla sua sede naturale.
Nel 1687 iniziarono i lavori di trasformazione della Chiesa di S.Maria, ritenuta necessaria per assicurare una maggiore partecipazione di fedeli alle sacre celebrazioni.
Nel 1731, il 20 marzo, un violento terremoto ridusse Foggia ad un accumulo di rovine. Anche la Chiesa maggiore fu seriamente danneggiata.Il sacro tavolo fu portato al riparo nella Chiesa di S.Maria di Costantinopoli dove avvenne la prima apparizione della Madonna. Le apparizioni si ripetettero successivamente nella Chiesa di S.Giovanni Battista. Tra i testimoni autorevoli delle apparizioni ci fù S.Alfonso dei Liguori. Restaurata la Chiesa maggiore il S.Tavolo fu riportato nella sua Cappella. Le apparizioni della Madonna dei Sette Veli furono canonicamente riconosciute e dal 1732 ogni anno il 22 marzo per volontà del Clero vengono commemorate. In questo secolo le controversie tra Troia e Foggia si acuirono e ogni pretesto era buono per risvegliare nel clero di foggiano antiche e mai sopite ambizioni di autonomia.
Nel periodo napoleonico, la Chiesa maggiore e i Canonici della Collegiata acquisirono nuovi privilegi: il Papa Pio VII il 23 settembre 1806 elevò la Chiesa di S.Maria a Basilica minore e il 2 dicembre 1808 concesse ai Canonici di Foggia il privilegio di indossare l'abito prelatizio.
Tra i Vescovi di Troia più legati a Foggia, merita particolare menzione Mons. Antonino M. Monforte che per ragioni pastorali ma anche per aperto dissenso col clero di Troia, soggiornò abitualmente a Foggia.Il Clero e la cittadinanza lo ritiene giustamente "padre"della nuova Diocesi: fece esplicita richiesta alla S.Sede perchè la città diventasse sede vescovile. Anche il RE Ferdinando II espresse voto favorevole a tale richiesta.
Papa Pio IX, accogliendo i voto della Città e del Clero, autorevolmente sostenuto dal Monforte e da Ferdinando II il 25 giugno 1855 eresse Foggia Diocesi direttamente soggetto alla S.Sede comprendente nel suo territorio l'antichissima Abazia nullius di S.Marco in Lamis, fino ad allora parte della Arcidiocesi di Manfredonia. Quando il primo Vescovo di Foggia, Mons. Bernardino M. Frascolla, fefce ingresso nella nuova Diocesi questa contava 40.000 abitanti e otto parrocchie di cui cinque a Foggia.
Il 12.6.1979 il S.Padre Giovanni Paolo II in attuazione delle norme stabilite nel decreto "Christus Dominus" (n 40), eresse Foggia Sede Metropolita della Provincia Ecclesiastica della Capitanata e Mons. Lenotti fu insignito del titolo di Arcivescovo Metropolita e quindi primo Arcivesvovo di Foggia.