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L'originaria Chiesa costruita dai Vescovi Betlemmitani dopo la metà del 1200 era in stile romanico, conforme al bel campanile tuttora visibile; di forma basilicale, aveva tre navate ed era orientata, secondo i canoni dell'epoca, con l'abside a levante.
La disposizione dell'attuale chiesa risale al 1655 quando, con radicali lavori di ristrutturazione, vennero vulturati il coro e l'ingresso. In tale occasione furono costruite le cappelle laterali e creato uno spazio antistante la facciata che fungesse da sagrato; il magnifico tappeto in ciottoli bianchi e neri che lo decora fu fatto eseguire nel 1759 dalla nobile famiglia Lomellini. La facciata è opera dell'architetto Luigi Guglielmo Camogli; realizzata in graniglia tra il 1912 e il 1916. Sopra la porta centrale giganteggia la figura di S.Caterina da Siena; nel piano superiore un bassorilievo raffigura S.Ambrogio che battezza S.Agostino; sulle balaustre laterali poggiano quattro statue di protettori delle confraternite cittadine: S.Bartolomeo, S.Giovanni Battista, S.Giuseppe ed il Beato Jacopo. Il campanile, forse originariamente "torre di città", è un bell'esempio di stile romanico lombardo; ha una base in pietra di 5 metri di lato e cinque piani in cotto ornati da ampie ed eleganti trifore e da archetti pensili; sulle pareti sono incastonati bacili di origine moresca, alcuni dei quali sicuramente provenienti dalla regione di Cordoba.
La torre, originariamente tronca, si eleva per 30 metri; la cuspide di forma ottagonale, alta 7 metri, fu aggiunta verso la metà del 1800. Per la sua bellezza e maestosità il campanile è diventato il simbolo principale della città.
L'interno della chiesa ha un aspetto maestoso ed è riccamente ornato; l'eccellente equilibrio tra forme e decorazioni la fa apparire di dimensioni maggiori rispetto alle misure reali. Le navate hanno una lunghezza di m. 38,80; il transetto misura m. 19,50; la volta è di m. 12 e la cupola raggiunge i m. 19,50.
Le cappelle presentano un ricco campionario di opere d'arte alcune delle quali appartenevano alla precedente chiesa medievale. Nella volta della navata centrale e nel catino absidale sono affrescati episodi della vita di S.Ambrogio, opere di Giuseppe Isola (1809-1893) e di Giovanni Quinzio (1832-1918); in quella del transetto " La pentecoste" e le "Nozze di Cana" sono opera di Lazzaro de Maestri (1840-1916). Nella navata sinistra la prima cappella ospita una bella tela di Gio Andrea De Ferrari (1598-1669) dedicata alla Madonna del Suffragio.
Nella seconda cappella detta "dell'Annunciazione" si trova il polittico di Francesco da Milano eseguito tra il 1519 e il 1536. Segue la Cappella dedicata a S.Caterina da Siena, Patrona della Città, con una bella statua lignea opera di Anton Maria Maragliano (1664-1739); nell'altare e ai lati preziosi reliquiari donati a Varazze nel corso degli anni dagli Arcivescovi di Siena.
Nel transetto un bell'altare sormontato da colonne tortili fa da cornice ad un dipinto di Santo Tagliafico (1756-1829) che rappresenta l'opera di pacificazione del Beato Jacopo tra le fazioni Genovesi.
L'abside laterale ospita la cappella del SS. Sacramento, già della Madonna delle Grazie o S.Maria Nautarum; rivestita con rilievi e decorazioni marmoree, presenta sopra l'altare un bassorilievo con Madonna e Gesù infante; ai lati intarsi e rilevi con simboli della passione e due pregevoli dipinti del '600 genovese.
Sull'altar maggiore, in marmo policromo del 1700, si eleva la statua marmorea dell'"Assunta" di Francesco Schiaffino (1688-1763), donata nel 1790 da Carlo Maria Lomellino Vescovo di Ajaccio.
Nella cappella dell'abside della navata di destra si scorge un magnifico dipinto di Luca Cambiaso (1527-1585): Madonna in Trono con S.Bambino tra i Santi Giovanni Battista e Francesco d'Assisi.
La cappella del transetto ospita un altare riccamente ornato sormontato da doppie colonne tortili con una grande tela di Orazio De Ferrari (1606-1657): Apparizione di Gesù a S.Gregorio con ritratto dei donatori.
Nella "cappella di S.Ambrogio" si ammira pregevole polittico raffigurante il Santo, capolavoro di Giovanni Barbagelata, firmato e datato 1500.
La "cappella del Crocifisso" è impreziosita da un bellissimo Cristo in croce d'aspetto severo e dolente, opera di scuola ligure del 1400, recentemente restaurato. Il Battistero è nel piano terreno della torre campanaria; le sculture del "Battesimo di Cristo" sono del 1813, opera di Antonio Brilla.
Di particolare interesse è il pulpito; opera in marmo policromo ad intarsio del 1600, con sculture a rilievo. Le stazioni della "Via Crucis" sono in formelle di ceramica, opera di Dario Ravano (1876-1950).
Altre interessanti opere d'arte e ricordi storici si possono ammirare in sacrestia e nei corridoi adiacenti.