La
chiesa, dall’aspetto apparentemente anonimo, custodisce un’effigie della
Madonna, ritenuta miracolosa e protagonista di una vicenda senza dubbio
suggestiva. Nel 1642, presso il ponte che superava il Fosso di Scolo (fiume
morto) esisteva un’immagine della Madonna, protetta da una marginetta lignea.
L’opera, in maiolica, era ritenuta di scuola francese del XVII secolo (altre
fonti l’attribuirebbero ai Della Robbia). Nell’autunno di quell’anno, un
periodo assai prolungato di piogge torrenziali trasformò quella parte del piano
alle porte di Pisa in una desolata palude, con gravi danni all’economia del
luogo, allora largamente fondata sull’agricoltura. Per di più, il turbinare
violento delle acque determinò il crollo del ponte e la perdita del suo sacro
ornamento. In quei giorni di grandi ansie per la popolazione e per i contadini,
la Madonna si mostrò in sogno ad alcune giovinette del luogo, rivelando loro
che il diluvio sarebbe cessato solo quando fosse stata recuperata e collocata in
un luogo degno l’immagine sacra. Secondo la tradizione, questa voce, diffusa
dai contadini e dagli abitanti del piano, giunse ai responsabili dell’Uffizio
per i Fiumi e i Fossi. Costoro, messisi solertemente alla ricerca, assieme ai
residenti e ai contadini del minuscolo agglomerato, recuperarono l’immagine
immersa nelle acque. 
Come
d’incanto le piogge diluviali cessarono, le nubi si squarciarono e i raggi del
sole illuminarono una Madonna miracolosamente asciutta. In ottemperanza ai
desideri della Vergine, e per testimoniare nel tempo la gratitudine per il
cessato pericolo, l’Uffizio per i Fiumi e Fossi fece erigere la chiesa. Il
santuario, che inizialmente fu eretto da un frate, sorse su un progetto redatto
dall’architetto Marucelli. Il Lunedì Santo del 1648, con grande concorso di
fedeli in processione, il vicario generale dell’Arcivescovo provvedeva
all’inaugurazione del tempio, collocando l’immagine mariana, dove oggi la
vediamo, sopra l’altare maggiore. La Madonna dell’Acqua fu ben presto
ritenuta miracolosa, molti gli eventi soprannaturali ad essa ascrivibili. La
Madonna era ornata di preziosi doni, che furono venduti quando, negli anni
sessanta, sorse la nuova chiesa del SS. Redentore, voluta dal parroco Don
Peressini, per venire incontro alle esigenze del nuovo insediamento di Madonna
dell’Acqua, estesosi verso il monte. Nel 1988 la Soprintendenza ai Beni
culturali, architettonici, artistici, e storici di Pisa ha curato il restauro
del santuario: in quell’occasione si è provveduto alla ripulitura dei tenui
affreschi settecenteschi attribuiti, alcuni a Giovanni Battista Tempesti e gli
altri ai fratelli Melani, che effigiano, tra gli altri motivi, la storia del
Santuario. All’altare maggiore, sotto la Madonna eponima, vigilata de due
Angeli laminati in oro, vi è una pittura che ritrae san Ranieri davanti a san
Pietro e al vicario vescovile (XVIII sec.). Nella Chiesa di Madonna dell’Acqua
erano soliti partecipare alle funzioni religiose i regnanti di casa Savoia,
durante i loro soggiorni a San Rossore. Il 21 settembre del 1991, l’Istituto
Diocesano per il Sostentamento del Clero, decise il restauro della canonica,
destinandola a un centro turistico. Nell’atrio porticato, che precede
l’edificio, sopra il portale, c’è un affresco (purtroppo decorato) che
rappresenta La fuga in Egitto. Questo è attribuito a un anonimo pittore della
fine del XIX. Nel 1997 gli affreschi del porticato sono stati restaurati con il
contributo della Cassa di Risparmio di Pisa.
