La Parrocchia San Carlo di Muggiò è sorta il primo gennaio del 1965. Il 4 novembre di tre anni prima era stata posta la prima pietra per la costruzione della chiesa, voluta dal parroco della chiesa madre di Ss. Pietro e Paolo: lo stesso vi celebrò la prima S. Messa il 24 maggio del 1964 e pochi mesi dopo il primo gennaio del '65 - appunto - annunciò alla popolazione l'erezione della nuova parrocchia dedicata a San Carlo Borromeo. Il primo parroco fu Don Edvigio Melli, fino ad allora Vicario Parrocchiale alla chiesa madre.
Il 21 settembre del 1969 la parrocchia si arricchisce con la presenza di tre Suore Francescane Missionarie, presenza che si protrarrà fino all'inizio del 1995.

Il 4 novembre del 1976 il Cardinal Giovanni Colombo consacra la nuova chiesa e benedice le nuove strutture della parrocchia, casa del parroco compresa.
Nel 1982 arriva in parrocchia un Vicario Parrocchiale, Don Erminio Brambilla: svolgerà il suo ministero coi giovani fino all'estate del 1995.
Nello stesso anno avverrà anche l'avvicendamento dei parroci: al primo succede Don Giuseppe Villa.

Durante gli ultimi anni si concludono intanto i lavori all'interno della chiesa per attuare le norme liturgiche: il tabernacolo viene spostato e viene rifatto per intero il presbiterio seguendo i disegni originali del primo progettista. Assieme a questi due interventi vengono eseguite e collocate le vetrofanie alle finestre, sopra il presbiterio e alla mensa.
I primi due anni del 2000 la parrocchia mette mano alle strutture esterne dell'oratorio per il gioco e lo sport. Vengono costruiti nuovi spogliatoi per ospitare 4 squadre contemporaneamente, un campetto di calcetto a 5 con un manto sintetico; mentre il campo a 11 viene spostato per poter ospitare tra i due campi un terzo campo a 7 per gli allenamenti della società sportiva e lasciare infine uno spazio ulteriore per il gioco dei ragazzi e dei più piccoli.