Il suo nome appare in documenti antichi, anche sotto la forma di Jambonus, Zanebonus, Zanibonus. Nacque a Mantova nel 1168 da Giovanni e Bona (origine del suo doppio nome). La sua vita ci è ampiamente nota attraverso la narrazione che ne fece S. Antonino di Firenze tra il 1440 ed il 1459, ed ancor più direttamente dagli Atti dei processi di canonizzazione autorizzati da papa Innocenzo IV subito dopo la sua morte e tenuti negli anni 1251, 1253 e 1254.

Rimasto orfano del padre a quindici anni, Giovanni si era dato a girovagare per l'Italia, come giocoliere ed aveva abbandonato la madre, che, secondo S. Antonino (al quale preme far risaltare un certo parallelismo tra la sua conversione e quella di S. Agostino), continuava a pregare per il suo ritorno a Dio. A quarant'anni, e cioè circa nel 1208, in adempimento di un voto fatto durante una grave malattia, Giovanni Bono lascia completamente il mondo e si dà tutto alla penitenza. Sceglie come sua dimora un eremo presso Cesena, in Romagna (S. M. di Butriolo, a due miglia dalla città) e vi conduce vita di contemplazione e di penitenza. Non sa nè leggere nè scrivere, e non fa che ripetere le poche preghiere che sa a memoria, coprire di lacrime il Crocifisso e sottoporsi alle più dure privazioni ed alle discipline più aspre.

La fama della sua santità induce altre persone a seguirne l'esempio, cosicché, fin dal 1217, si forma attorno a lui un piccolo nucleo che segue le sue direttive: ma solo nel 1225 egli veste un abito regolare. È forse di questa medesima data la concessione, fattagli dalla Santa Sede di adottare per sè e per i suoi eremiti la regola di S. Agostino. Certamente egli appare appartenente all'ordine di S. Agostino già nel 1231. Continuò a crescere il numero dei suoi seguaci; altri eremi furono fondati (nel 1251 sono già undici quelli documentati) e la sua fama si diffondeva sempre più, tanto che nel 1225 venne eletto quale arbitro per sedare contese tra Ravenna e Cervia.

Gli Atti del processo citati si diffondono a documentare la sua straordinaria vita di penitenza, la devozione con cui assisteva alla S. Messa, riceveva (la domenica) la S. Comunione ed ascoltava l'ufficiatura celebrata dagli altri eremiti, lo spirito di umiltà che lo animava, il suo zelo per la conversione dei peccatori ed i numerosi miracoli che compì per confermare nella fede i dubbiosi o per conquistare scettici o eretici. A questo proposito si raccontano ben novanta miracoli, operati per sua intercessione, durante la vita e nei primi due anni dopo la morte.

L'8 ottobre 1249 Giovanni Bono, fra la costernazione dei suoi eremiti e di tutto il popolo della vicina Cesena, parte dal suo eremo, dove ha trascorso ben quarant'anni, per andare a morire nella sua città natale. A Mantova trascorre gli ultimi giorni della vita nell'altro eremo di S. Agnese in Porto e vi muore il 16 ottobre 1249. È sepolto in terra, nella medesima chiesetta, ma due anni dopo, la sua salma è collocata in un'urna marmorea. Nelle varie ricognizioni che se ne fecero (1451, 1543, 1585, 1775, 1798), essa fu sempre ritrovata intatta.

Di Giovanni Bono si celebra la festa sia a Mantova, sia a Cesena con ufficiatura propria: anche per altre città romagnole siamo informati di una celebrazione in suo onore. Il processo di canonizzazione, iniziato nel 1251, fu interrotto alla morte di papa Innocenzo IV (1243-1254); Sisto IV con la Bolla "Licet Sedes Apostolica" ne autorizzò il culto e lo proclamò beato; nel 1585 Vincenzo Gonzaga  ne chiese la canonizzazione, ma le note perturbazioni del pontificato di Sisto V ostacolarono questo desiderio.