Favignana

Dal punto di vista vegetazionale, Favignana - che si presenta generalmente brulla - offre, aspetti di gariga e residui di macchia mediterranea con oleastro, lentisco, carrubo, euphorbia, sommacco. 
Di particolare interesse, inoltre, la rada vegetazione rupestre che annovera, tra le altre, un'interessantissima crucifera, la brassica tnacrocarpa (cavolo marino), endemica esclusiva delle isole Egadi e, con areale più ampio, seseli bocconi (finocchiella). 
La visita di questo ambiente è facilitata dalla presenza di numerose strade pianeggianti, facilmente percorribili anche in bicicletta, e che consentono di effettuare il periplo dell'isola. Da non perdere le escursioni al forte di Santa Caterina, alle numerose Punte ed alle cave della pietra bianca di Favignana, che connotano tutto il versante orientale dell'isola. 
Vere e proprie architetture in negativo, esse segnano profondamente ed in maniera fortemente suggestiva il territorio dell'isola e sono, spesso, anche dei piccoli orti botanici di vegetazione spontanea.

Levanzo

La piccola isola di calcari bianchi cristallini e dalle coste dirupatissime, presenta invece - grazie alla sua natura montuosa e all'antropizzazione bassissima - una flora composta di circa 400 specie comprendenti diverse entità endemiche ivi compresa la brassica macrocarpa. Ulteriori espressioni di vegetazione sono date da macchia alta e bassa, da gariga a base di euphorbia, rosmarinus e di senecio cineraria. Interessantissimi, ancora, i popolamenti rupestri delle pareti a picco sul mare.
L'assenza di strade rotabili non consente l'uso di mezzi motorizzati a Levanzo, ma scoprirne l'ambiente naturale attraverso il trekking è un'esperienza forte e indimenticabile. Alcune piste, peraltro non disagevoli, consentono di raggiungere i luoghi più fortemente suggestivi e di perdersi tra i forti aromi delle erbe selvatiche. Stretti sentieri si dipartono dall'abitato: il primo, che costeggia il versante occidentale di Levanzo, sino alla grotta del Genovese; il secondo che, lambendo le pendici del Pizzo del Monaco, raggiunge la Cala di Tramontana e la Punta Sorci; e infine quello che, lasciato il precedente nei pressi della Cala di Tramontana, raggiunge il capo Grosso. Si tratta di escursioni facili, non impegnative e che necessitano di poche ore di cammino.
 

Fauna

Dal punto di vista faunistico - scomparse molte specie di mammiferi - l'arcipelago riveste notevole importanza per la presenza diurna di avifauna sia migratoria che stanziale. Tra le specie di passaggio, alcune delle quali particolarmente appariscenti, ricordiamo il biancone, il grifone, il capovaccio, la berta, il cormorano, la gru, la cicogna, il pellicano, il cigno, il fenicottero, l'uccello delle tempeste. 

La pelagicità delle Egadi rende le isole adatte alle osservazioni di uccelli legati all'ambiente del mare aperto, come la maestosa sula bassana, maestra di tuffi, e come le berte, maggiore e minore e l'uccello delle tempeste (Hydrobates pelagicus) che scelgono l'arcipelago per la loro nidificazione, così come fa anche il gabbiano reale.
I marangoni dal ciuffo completano il quadro degli uccelli marini facilmente osservabili 

Tra i rapaci si segnalano il falco pellegrino, il rondone maggiore, il barbagianni, il passero solitario, la cappellaccia. 
Inoltre citiamo l'aquila del Bonelli (Hieraaetas fasciatus), che nidifica sulle scoscese dolomie di Marettimo, le albanelle, il biancone, il nibbio, il grillaio, il falco snbbuteo, il falco pellegrino e il gheppio.
Il grande corvo imperiale, dal volo maestoso, costruisce qui il suo nido e le falesie della sempre più "sacra" Marettimo sembra ospitino poi anche i nidi della monachella nera il cui normale areale di nidificazione è limitato alla penisola iberica.

Se si è fortunati (e naturalmente si sceglie, per la visita, il periodo di passa) può capitare di mettere nel proprio "carniere di birdwatcher" un gran numero di specie migratorie, fra cui uccelli splendidi e sicuramente non comunissimi, come cigni, gru, cicogne, fenicotteri, spatole (Platalea leucorodia), mignattai (Plegadis falcinellus), e perfino pellicani. 
Molto più regolarmente, nello stesso periodo, le pozze di scogliera vedono specchiarsi nelle loro acque aironi cenerini e rossi, gambecchi, beccacce (Scolopax rusticola), e beccacini (Gallinago gallinago).

La fauna di Marettimo vanta un interessante endemismo: la lucertola di Marettimo (Podarcis wagleriana marettimensis).  Ricordiamo inoltre il gatto selvatico e la foca monaca (Monaehtcs monachus), che frequentava le centinaia di grotte che traforano la costa. Qualche esemplare erratico è stato avvistato mentre gli ultimi esemplari residenti sono scomparsi verso la fine degli anni '20, sterminati dalle fucilate di "appassionati cacciatori", che, come si legge in una testimonianza dei primi anni del secolo, le sorprendevano, via mare, mentre, nottetempo, dormivano sulle spiaggette interne delle grotte marine. 
Con un po' di fortuna, arrampicandosi lungo le pendici di Monte Falcone è possibile avvistare il muflone e il cinghiale.

Faraglione di Levanzo

Marettimo

Oltre ai maiali selvatici (impropriamente chiamati cinghiali), altri animali domestici inselvatichiti si aggirano più o meno liberamente sull'isola di Marettimo. Sono invece scomparse le capre selvatiche. 
Come loro sono scomparsi dall'arcipelago i cervi, testimoniati dai graffiti e dalle ossa della Grotta del Genovese, ma anche da un toponimo come Portella del Cervo, che ancora connota la sella fra Punta Campana e Punta Grossa, sulla Montagna Grossa di Favignana.
 

Tra i rettili segnaliamo il ramarro, le lucertole e il biacco nero (Coluber viridiflavus carbonarius). Meno frequente, ma non impossibile da sorprendere, al tramonto o nelle prime ore del mattino, su qualche muro a secco, è il congilo (Chalcides ocellatus), mentre molto comuni sono i notturni gechi: la tarantola muraiola (Tarantola mauritaniea), e il geco verrucoso (Hemidactylus turcicus).

Altri migratori sembrano fare delle Egadi uno dei loro punti di riferimento. Sono i tonni. Intorno ad essi, e alla metodologia di pesca collettiva ai loro danni, nota come tonnara, si è costruita e retta, per secoli, gran parte della cultura e dell'economia di Favignana e di Levanzo.