Favignana - che deve il suo nome attuale al Favonio (Zefiro), un vento caldo di ponente che, in primavera ed estate, determina l'estrema mitezza del suo clima - si presenta oggi con un aspetto estremamente brullo, conseguenza d'una violenta e dissennata deforestazione, e fortemente connotato da numerose cave di tufo bianco, oggi in disuso. Bellissime, tuttavia, le coste, basse e frastagliate, ricche di profonde incisioni, cavità e grotte, ed il mare con i suoi fondali straordinariamente integri, autentici paradisi per subacquei. 
Levanzo, la Phorbantia dei romani, è la minore dell'arcipelago, essendo estesa solamente 5 kmq. Splendido scoglio di calcari bianchi, possiede coste rocciose che precipitano in un mare cristallino. E' connotata da alcune modeste alture ed è particolarmente ricca di grotte. Distante 15 km da Trapani, rappresenta anch'essa un vero paradiso per gli appassionati del mare. 
Marettimo, l'antica Hiera - sacra, per i greci - è il vero gioiello dell'intero gruppo, rappresentando, per la sua storia geologica e la sua conformazione un unicum tra i più importanti dell'intero bacino Mediterraneo. L'isola, infatti, si distaccò dalla Sicilia molto tempo prima di Favignana e Levanzo - circa 600.000 anni fa - ed ha potuto evolversi in maniera del tutto autonoma, sviluppando, quindi, importanti, antichi endemismi che documentano il risultato del prolungato isolamento dalla Sicilia. Montuosa e dolomitica - la sua vetta più alta è Pizzo Falcone, 684 m s.l.m. - è aspra e scoscesa, verdissima e splendidamente strapiombante nel mare sui versanti nord-orientale e nord-occidentale, dove sono presenti imponenti fenomeni carsici.
 

Se di antichissimi insediamenti umani si hanno precise ed importanti testimonianze a Levanzo ed in misura minore a Favignana, poche e relativamente più recenti sono le tracce della prima frequentazione dell'isola di Marettimo. Ciò è la conseguenza del fatto che, come già detto, le prime due isole rimasero collegate alla Sicilia, sino all'ultima glaciazione, da un ponte naturale attraverso il quale giunsero, nel paleolitico, i primi uomini, mentre solamente nel neolitico - quando essi impararono a navigare - ebbe inizio l'ominazione di Marettimo.
Quei primi, antichissimi abitatori che pochi segni lasciarono a Favignana - numerose grotte che si aprono nella Montagna Grossa furono usate come ripari - superarono sé stessi a Levanzo, dove, nella grotta del Genovese, incisero e dipinsero ciò che oggi rappresenta un vero e proprio tesoro archeologico.
 

In un antro che si apre a Nord-Ovest del piccolo abitato (raggiungibile a piedi o in barca), sopra l'omonima cala, sono, infatti, i due cicli di arte parietale che raffigurano, incisi e dipinti, diversi animali del quaternario (Cervus elephas, Bos primigenius, Equus hydruntinus) ed alcune figure umane recanti maschere che rappresentano teste di uccelli e, quindi, un secondo gruppo di figure, solamente dipinte, probabilmente più recenti delle precedenti.  Colorate in nero e rosso, esse rappresentano alcuni uomini, donne, mammiferi e pesci, tra i quali il tonno che, per secoli e secoli ha segnato la vita e la cultura degli egusei.
A giusta ragione le immagini rupestri di Levanzo sono considerate vere espressioni d'arte d'alto valore, sia per la felice resa dello scorcio che per la plasticità dell'insieme.
Altre grotte, nella stessa isola (Crollata, di Punta Capperi, dei Porci, di Cala Tramontana, Grande, etc.) hanno restituito interessante e copioso materiale prevalentemente risalente al Paleolitico superiore.
Ulisse descrive ad Alcinoo, in un brano dell'Odissea, la mitica isola delle capre, Favignana. Ma al di là del mito omerico, dei successivi, antichi periodi storici (le cui vicende sono generalmente comuni a quelle del versante occidentale della Sicilia), rimangono, sulle tre isole, solamente pochi segni. 
 

Favignana fu sede di un insediamento fenicio-punico, come attestato da Tucidide. 
A Favignana troviamo un'iscrizione sulla parete di un ipogeo ed i resti di un cimitero paleocristiano; a Marettimo, appena sopra l'abitato, i ruderi di una struttura risalente ad epoca romana. Romani che conquistarono le isole nel 241 a.C., dopo la vittoriosa battaglia navale conseguita in quelle acque da Lutazio Catulo sulla flotta cartaginese, a conclusione della I Guerra Punica. Nei pressi di tali ruderi esiste una piccola chiesa, probabilmente di epoca normanna, addossata ai resti romani. 
Successivamente, le isole furono conquistate prima dai barbari -Vandali e Goti - e, nel IX sec., dai Saraceni i quali vi costruirono alcune torri di avvistamento. Cacciati i Saraceni nel 1081, i Normanni realizzarono sull'isola maggiore un borgo medievale munito di poderose difese di cui rimangono, oggi, i resti dei forti di S. Giacomo, rimaneggiato nel XV sec., e di Santa Caterina.
 

Notevole interesse riveste quest'ultima costruzione che sorge sul sito di una preesistente torre saracena, sulla vetta più alta dell'isola. Della fortezza, fatta realizzare da Ruggero, re dei Normanni, ed in parte rimaneggiata in epoca aragonese, residuano oggi cospicui e suggestivi resti.
Seguirono, ancora, gli Svevi e, quindi, gli Angioini, sotto i quali vennero impiantate a Favignana le prime due tonnare, di San Leonardo e San Nicolò. 
Dalla metà del sec. XVI, dopo un lungo periodo di decadenza, le isole appartennero ai Pallavicini-Rusconi di Genova, e, dal 1874, ai Florio, con i quali le antiche tonnare, oltre allo stesso abitato di Favignana, raggiunsero il massimo splendore. A quell'epoca, risalgono la costruzione del villino Florio, un elegante e raffinato edificio in stile Liberty, progettato da Damiani Almeyda nel 1876 e, lungo il lato occidentale del porto, i nuovi, grandi edifici della tonnara, la più importante della Sicilia. 
 

Altri monumenti di rilievo sono la settecentesca Chiesa Madre di Favignana e, a Marettimo, i suggestivi resti di un forte di epoca borbonica, a Punta Troia.